Ministeriet kendte til overbetaling af landbrugsstøtte

Efter EU's revisorer havde været på revisionsbesøg i juli 2006, kritiserede de:
- Markbloksystemet, der indeholdt for store ikke støtteberettigede arealer, hvilket gjorde den administrative krydskontrol mindre effektiv.
- Tolerancen i forbindelse med krydskontrollen, der var i strid med reglerne. Det kan have resulteret i, at der er udbetalt støtte for ikke støtteberettigede arealer.
- Kontrollen på stedet, herunder at der blev godkendt udtagne arealer, udyrkede arealer samt permanente græsarealer, der ikke opfyldte betingelserne for støtte.

Efter EU's revisorer havde været på revisionsbesøg i januar 2008, kritiserede de:
- Tildelingen af betalingsrettigheder i 2005 og den efterfølgende administration heraf. Revisorerne fandt, at der var svagheder i de danske myndigheders kontrol af, om tildelingen af betalingsrettigheder i 2005 skete til den støtteberettigede ansøger, når der var tale om forpagtningsforhold, samt i kontrollen med græsarealer hos nye ansøgere.
- Derudover fandt revisorerne svagheder i kontrollen med, om betingelserne for overdragelse.